W latach 1995-96 zarząd Polskiego Związku Piłki Nożnej rozpoczął organizowanie szkół Mistrzostwa Sportowego Piłki Nożnej. Placówki tworzone były w oparciu o porozumienie Urzędu Kultury Fizycznej i Sportu z Ministerstwem Edukacji Narodowej. Podstawą organizowania szkół był program organizacyjny opracowany przez powołany do tego celu zespół.

Pierwszą szkołę Mistrzostwa Sportowego utworzono we Wrocławiu w 1995 roku. Rok później powstała druga placówka – SMS Kraków. Z inicjatywy grupy działaczy MZPN powołano zespół odpowiedzialny za opracowanie założeń organizacyjno-programowych szkoły, kryteriów selekcji i naboru. W zespole tym znaleźli się generał Mieczysław Karus, Jan Nowak, Zygmunt Szewczyk i Marian Cygan.

Zanim 1 września 1996 roku 45 uczniów, zawodników, rozpoczęło naukę w SMS Kraków, zespół założycieli dokonał wyboru bazy dydaktycznej, sportowej i internatu. Określono zakres i zasady współpracy naukowo-badawczej z AWF Kraków oraz przeprowadzono rozmowy i ustalenia z władzami Krakowa i kuratorium oświaty.

W szkole zatrudniono doświadczonych nauczycieli, którzy rozumieli istotę treningu w sporcie wyczynowym oraz doświadczonych trenerów z najwyższymi kwalifikacjami. Wśród uczniów znajdowali się członkowie kadry polskich juniorów, zawodnicy klubów ekstraklasy, pierwszej reprezentacji oraz olimpijczycy.

Szkoła znalazła swoją siedzibę w wynajętej części budynku Zespołu Szkół Budowlanych nr 1 w Krakowie przy ulicy Szablowskiego 1.

W listopadzie 1999 roku Prezydium Zarządu PZPN podjęło uchwałę o likwidacji SMS w Krakowie. Dyrekcja placówki rozpoczęła walkę o przetrwanie, co pozwoliło szkole funkcjonować przez kolejne dwa lata jako prywatne liceum ogólnokształcące Mistrzostwa Sportowego. We wrześniu 2001 roku przekształciło się we Społeczne Liceum Mistrzostwa Sportowego, którego organem założycielskim został Miejski Klub Sportowy Krakowia. Olbrzymi wkład w tym trudnym okresie wniósł pan Andrzej Palczewski, lobując na rzecz decyzji o utworzeniu placówki.

Szkoła przetrwała dzięki nowatorskiemu podejściu do szkolenia, postawieniu na profesjonalizm i nowoczesność. Zatrudniono znanych trenerów, zacieśniono współpracę z AWF Kraków i nawiązano liczne kontakty międzynarodowe, dzięki czemu szkoła zyskała renomę na świecie.

W roku szkolnym 2002/2003 obok liceum utworzono gimnazjum sportowe. Funkcjonowanie dwóch poziomów kształcenia spowodowało reorganizację placówki i powołanie Zespołu Społecznych Szkół Ogólnokształcących Mistrzostwa Sportowego. W 2004 roku powstał Wojewódzki Ośrodek Szkolenia Młodzieży MZPN, działający do 2008 roku, kiedy to MZPN utworzył szkołę w Nowej Hucie i przeniósł ośrodek szkolenia do nowej placówki. Dyrektorem szkoły został Mirosław Gilarski.

15 października 2009 roku szkoła otrzymała własny sztandar, przekazany przez Tomasza Żąsę w imieniu MKS Krakowia SSA. W 2015 roku dyrektorem szkoły została Katarzyna Gubernat.

1 września 2019 roku reforma oświaty spowodowała wygaszenie społecznego gimnazjum sportowego, kończąc tym samym działalność zespołu szkół. Formalnie odeszli również patroni – Rejman i Kałuża. 12 marca 2020 roku uczniowie musieli zmierzyć się z nową rzeczywistością pandemiczną – szkoła przeszła na nauczanie zdalne.

Rok później rozpoczęto projekt „Nowa Lokalizacja”, obejmujący remont obiektów przy Wielickiej 101. Od 1 września 2021 roku szkoła rozpoczęła jubileuszowy rok w nowej siedzibie, wciąż funkcjonując w reżimie sanitarnym z powodu trwającej pandemii.

W 2024 r. z funkcji dyrektora ustąpiła Katarzyna Gubernat, a od 1 września 2024 funkcję pełni Magdalena Studzienny.

Z początkiem 2025 r. zmienił się organ prowadzący szkołe, została nim Fundacja Młodych Cracovia.

Co roku o możliwość nauki i treningu w krakowskiej placówce ubiega się blisko setka kandydatów. Szkoła rozpoczęła działalność z 45 uczniami, a obecnie uczy się w niej niemal około 180 chłopców i dziewcząt.